매트릭스에서 주인공은 낮에는 토마스 (Thomas)이라는 평범한 회사원으로 밤에는 네오 (Neo)라는 이름의 해커로써 살아간다. 어느 날 전설적인 해커 모피어스 (Morpheus) 있다는 것을 알고 찾아 나선다. 다음날 회사에 출근한 토머스는 자신을 찾는 요원들에 의해서 끌려갔다가 꿈에서 깨고 모피어스의 부하 트리티니를 만나 그가 찾던 모피어스를 만나게 된다. 그는 모피어스로부터 놀라운 사실에 대해서 듣게 된다. 자신이 살고 있는 세계는 매트릭스로 만들어진 가상의 세계라는 것을. 그리고 가상의 세계를 구원할 사람으로 자신이 지정되었다는 것을. 결국 네오는 가상의 세계와 현실을 세계를 구분해 줄 수 있는 약인 빨간 약을 먹고 인류를 매트릭스로부터 구하는 영웅의 여행을 떠나게 된다.

모피스 (Morpheus): 매트릭스는 어디든지 편재해 있어. 심지어는 지금 자네가  머무르는 방에도. 창밖을 보거나 TV를 틀 때도 느낄 수 있을 거야. 일하러가  거나 교회에 가거나, 세금을 낼 때도 매트릭스가 존재한다는 것을 알 수 있을 거야. 매트릭스는 진실로부터 너 자신을 멀어지게 하는 세상이지.

네오 (Neo): 진실이라니?

모피스 (Morpheus): 네가 노예라는 사실. 다른 사람과 똑 같이 너는 냄새를 맡을 수도, 만질 수도 없는 감옥에 태어난 거야, 마음의 감옥에.

매트릭스』가 각광을 받는 이유는 다른 공상영화와 달리 인간의 정체성에 대한 질문을 넘어서서 인간의 존재에 대한 철학적 질문을 담고 있기 때문이다. 인간의 정체성에 대한 질문은 <블레이드 러너>와 <공각기동대> 등의 영화를 통해서 많이 다뤄지고 지금은 상식적인 소재가 되었다고 볼 수 있다. 『매트릭스』가 던지는 질문은 더 근원적이다. 우리가 사실이라고 믿는 따르고 행동하는 것이 정말 가상이 아닌 실재하고 사실로 존재하는 것인가란 질문을 던지고 있는 것이다.